与其他安全设备旁路部署的方式不同，应用防火墙的工作原理要求其必须串行部署在Web服务器前面；对于网站启用SSL加解密的，需要部署在SSL解密设备之后、WEB服务器之前，而这样的部署会极大的增加网络的复杂度，对应急排错造成困难；

对于存量的WEB类互联网系统，新进行串联部署WAF设备，意味着要将现有网络连接通路断开，在变更的过程中可能带来业务的中断，对变更的方案设计和实施工艺也带来很大的挑战性；

应用防火墙和应用逻辑结合紧密，如果策略配置不当，或者WAF应用防火墙本身产品BUG，很容易造成正常数据包被误拦截的情况，导致业务影响事件。

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